由于阿笠博士家的浴室出了故障，柯南随同小兰、灰原一同去大众浴池洗澡，期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名神秘的陌生人带走。一番混乱后，天才诈欺师娜娜和神秘杀手近藤将失去记忆的柯南带到某处隐蔽的别墅，并伪装成他的父母，而追踪近藤他们的阿笠博士和灰原则遭遇严重车祸，娜娜所属的某个犯罪团伙似乎打算利用柯南制造一起炸弹恐怖袭击。与此同时，供职于某杂志的编辑水岛早苗怀疑丈夫近藤有外遇，而找到毛利小五郎调查丈夫的行踪。时间流逝，险恶的阴谋浮出水面……