故事描写因为某件怪事变得能看到立在他人头顶上FLAG的少年旗立飒太，在转入东京都京都内屈指可数的名门学校私立旗之谷学园后，一边折断着和校内女生们的恋爱FLAG，一边共同生活在同一屋檐下的学园恋爱故事。