故事舞台发生在架空的城市──日本美空市美空町，除此之外还有魔女世界和魔法堂等。自称为“世界上最不幸的美少女”的春风DoReMi，一直相信这世界上有魔女，并希望自己成为魔女后可以向喜欢的人表白。有一天放学时，春风DoReMi经过一间名叫“新旗山莉卡魔法堂”的店铺。进入一探究竟时，碰巧拆穿了当时魔法堂的老板－“魔女莉卡”具有魔女身份，而导致她变成魔女青蛙。由于只有正式的魔女才可让魔女莉卡恢复原貌，为了帮助魔女莉卡回复原状，DoReMi成为了魔女见习生，并要在见习魔女9个级别（第9级至第1级）的考试中合格，从而取得魔女的象征──自己的水晶球，才能成为正式魔女。期间，初贵、爱子与DoReMi的妹妹泡泡，因为先后知道DoReMi是魔女见习生，为了不让DoReMi也变成魔女青蛙，因此也陆续成为魔女见习生。为了赚取使用魔力所需的魔法珠，所以要时常在魔法堂帮忙。期间也慢慢的参加升级试。在升级试的途中，Doremi等人获得了精灵陪伴。