小姑娘玛丽在印度的一次地震中失去父母，玛丽被送到她姨丈克克莱文勋爵在英国的庄园这个庄园中有一个神秘的花园，她的姨妈就是从花园的秋千上掉下来摔死的，为此克莱文认为那个花园是不祥的，吩咐永远将花园门锁上，并把钥匙藏在姨妈的小柜里，并一直不愿见到儿子怕受到同样的诅咒。后来，玛丽通过一只有灵性的知更鸟找到了花园门，并用门钥匙打开了花园的门。玛丽在庄园里发现克莱文儿子科林，他因病魔缠身而自我幽禁在房间中，玛丽不断秘密地去看科林。后来，科林在玛丽和迪肯的陪伴下开始坐轮椅去秘密的花园游玩，科林也在玛丽和迪肯鼓励下克服了走路的恐惧。后来，克莱文梦见妻子呼唤他回家，克莱文便回家了。他赶快去了秘密的花园里，发现孩正在捉迷藏。克莱文勋爵和儿子重逢，玛丽也已成为他家庭的一员。